Pilot William Scott yang menerima catatan itu dari Ms Schaffner kemudian segera menghubungi pusat pengendali udara di Seattle yang kemudian segera meneruskan pesan itu ke polisi dan FBI. FBI lalu meminta para kru pesawat menuruti keinginan sang pembajak hingga apa yang diinginkannya tersedia.
Sementara itu Cooper duduk dengan tenang di dalam pesawat sambil menikmati Bourbon dan Soda.
Pada pukul 17:24, kru pesawat diberitahu bahwa permintaan Cooper telah dipenuhi. Ketika pesawat mendarat di bandara Seattle-Tacoma, Cooper segera memerintahkan pilot Scott untuk memarkir pesawat di tempat sepi di bandara dan mematikan semua lampu.
Seorang kru pesawat kemudian diperintahkan untuk mengambil uang beserta parasut dari tangan FBI. Setelah uang dan parasut sampai ke tangan Cooper, seluruh 36 penumpang dan pramugari Schaffner dilepaskan. Hanya empat orang kru pesawat yang sekarang ada bersamanya.
Hingga saat itu, para petugas FBI masih tidak mengerti mengapa Cooper meminta parasut.
Pada pukul 19:40, ketika pesawat telah diiisi kembali dengan bahan bakar, Cooper memerintahkan pilot untuk menerbangkan pesawat menuju bandara Reno. Disana pesawat kembali diisi dengan bahan bakar.
Lalu Cooper memerintahkan pilot untuk menerbangkan pesawat ke Mexico dengan kecepatan 170 knots dengan ketinggian dibawah 10.000 kaki. Pada saat itu juga otoritas terkait telah memerintahkan dua pesawat tempur mengikuti pesawat yang dibajak.
Dan di atas pesawat dalam perjalanan menuju Mexico inilah legenda Cooper dimulai.
Tidak lama setelah take off, Cooper menyuruh semua kru untuk masuk ke kokpit pesawat sedangkan ia mengikat parasut ke tubuhnya dan berjalan menuju buritan pesawat.
Di dalam kokpit, para kru melihat lampu indikator menyala dan tekanan udara berubah dengan drastis. Tepat pada pukul 20:13, mereka merasakan pintu di buritan pesawat bersuara dengan keras. Seseorang sepertinya telah membukanya !
Pilot Scott lalu berteriak lewat mikrofon,"Apakah engkau membutuhkan sesuatu ?"
"Tidak !" Kata Cooper.
Itu adalah kata terakhirnya yang didengar oleh para kru.
Cuaca di luar pesawat saat itu hujan lebat.
Dua jam setelah peristiwa itu, pesawat itu mendarat kembali di bandara Reno dengan kondisi pintu buritan terbuka.
Para agen FBI dan polisi lokal segera mengepung dan menyerbu masuk serta memeriksa semua sudut pesawat. Mereka menemukan sisa dua parasut, puntung rokok, sepotong dasi hitam dengan penjepitnya. Mereka tidak menemukan Cooper, koper berisi uang dan dua parasut lainnya.
Para agen FBI berkesimpulan bahwa Cooper telah terjun dari pesawat. Namun para pilot pesawat tempur yang mengikuti pesawat itu mengaku tidak melihat adanya seseorang yang terjun dari pintu buritan. Tapi mereka juga mengakui bahwa cuaca yang gelap dan hujan lebat mungkin telah membuat pandangan mereka menjadi terbatas.
Pencarian terhadap Cooper terus dilakukan pada tahun 1971 hingga tahun 1972. Namun usaha itu sia-sia. Cooper menghilang seperti ditelan bumi.
Lalu FBI mulai memfokuskan perhatiannya pada uang tebusan. Pecahan $20 yang diberikan kepada Cooper adalah uang yang dicetak pada tahun 1969 dengan nomor seri berawalan "L". FBI mengirim peringatan mengenai ini kepada seluruh institusi keuangan di Amerika. Namun usaha ini juga sia-sia. Ini mengindikasikan uang itu mungkin belum masuk ke pasaran.
Pada tahun 1978, tujuh tahun setelah Cooper menghilang, seorang pemburu menemukan sebuah plakat yang berisi instruksi bagaimana menurunkan pintu buritan pesawat Boeing 727 di lokasi yang berjarak hanya beberapa menit penerbangan dari lokasi pendaratan Cooper.
Lalu, pada tahun 1980, Jejak yang mulai mendingin kembali menghangat setelah seorang anak laki-laki bernama Brian Ingram menemukan uang sejumlah $5.880 dalam bentuk pecahan $20 yang telah hancur di sungai Columbia. FBI menemukan nomor seri uang tersebut sama dengan yang telah diserahkan ke Cooper.
Apakah ini berarti Cooper tenggelam di sungai Columbia ? ataukah seikat uang itu hanya terlepas dari ransel Cooper ?
Pertanyaan-pertanyaan ini sepertinya tidak pernah mendapat jawaban yang pasti.
Menurut hasil profiling FBI, Cooper mungkin adalah seseorang yang mengenal wilayah Seattle dengan baik, pernah berdinas di angkatan udara dan memiliki pengalaman dalam hal terjun payung.
Pada tanggal 31 Desember 2007, 36 tahun setelah pembajakan yang terkenal itu, FBI kembali merilis sketsa wajah Cooper, kali ini disertai dengan gambaran apabila ia bertambah tua. Dalam press release, FBI juga mengatakan bahwa mereka percaya Cooper tidak berhasil selamat dalam penerjunan itu, tapi mereka tetap ingin mengetahui identitasnya.
Fakta bahwa FBI merilis kembali sketsa wajah Cooper setelah 36 tahun menunjukkan bahwa mereka tidak mau menyerah untuk membongkar kasus ini.
Keterangan resmi dari FBI baru-baru ini menemukan bahwa nama Dan Cooper ternyata berasal dari sebuah karakter komik terbitan Perancis tahun 1960. Jadi nama Cooper mungkin memang bukan nama asli.
Dalam perjalanan penyelidikan kasus ini, FBI menyusun daftar tersangka yang mencapai hingga 1.000 orang. Dari 1.000 tersangka tersebut, ada tiga orang yang mungkin paling menarik perhatian. Yaitu Richard McCoy Jr, Duane L Weber dan Kenneth P Christiansen.
Tidak berapa lama setelah kasus Cooper, pada tanggal 7 April 1972, seorang pria bernama Richard McCoy Jr naik ke pesawat milik maskapai United Airlines di Denver dan menyerahkan catatan kepada pramugari yang berisi permintaan uang sejumlah $500.000 beserta empat parasut. Luar biasanya, Ia berhasil lolos dengan cara yang sama seperti Cooper, terjun dari pintu buritan pesawat.
McCoy berhasil ditangkap dua hari kemudian setelah seorang temannya melaporkannya dan ia dihukum penjara selama 45 tahun. Pada Agustus 1974, McCoy ditembak mati setelah mencoba melarikan diri dari penjara.
Setelah peristiwa McCoy, mantan agen FBI bernama Russel Calame menerbitkan sebuah buku yang menyatakan bahwa DB Cooper dan McCoy adalah pria yang sama. Dalam buku itu disebutkan bahwa metode yang digunakan oleh McCoy sama persis dengan Cooper.
Namun teori ini dibantah karena bisa saja McCoy hanya meniru apa yang dilakukan oleh Cooper. Lagipula wajahnya tidak sesuai dengan deskripsi para saksi.
Lalu pada tahun 2000, sebuah artikel di US News menyebutkan bahwa seorang janda bernama Jo Weber mengaku bahwa sesaat sebelum meninggal, suaminya Duane L Weber mengaku bahwa ia adalah Dan Cooper. Jo yang curiga lalu menyelidiki latar belakangnya dan menemukan kesamaan-kesamaan yang menakjubkan dengan Cooper. Selain itu Duane pernah mengakui kalau cedera lutut yang dimilikinya adalah akibat terjun dari pesawat.
Jo bercerita bahwa pada tahun 1979 ketika sedang berkunjung ke sungai Columbia, Duane berjalan di tepi sungai sendirian seperti sedang mengenang sesuatu. Lalu Jo juga menemukan tulisan tangan Cooper yang diberikan pada Ms Schaffer persis dengan tulisan tangan suaminya.
Ia lalu menceritakan hasil penemuannya kepada mantan kepala FBI bernama Himmelsbach yang menyelidiki kasus Cooper. Himmelsbach setuju kalau kedua orang itu memiliki banyak kesamaan. Namun penyelidikan terhadap Duane Weber dihentikan karena FBI menemukan bahwa DNA dan sidik jari Duane tidak sama dengan sidik jari yang ditemukan di pesawat.
Pada 29 Oktober 2007, New York Magazine merilis sebuah artikel yang menyebutkan bahwa seorang pria bernama Kenneth P Christiansen telah diidentifikasi sebagai DB Cooper oleh sebuah biro penyelidik swasta. Artikel ini juga menyebut bahwa Kenneth adalah mantan penerjun payung militer, mantan karyawan penerbangan, tinggal di Washington dekat dengan lokasi pembajakan dan kenal dengan karakteristik wilayah lokal dengan baik. Yang paling mencurigakan adalah ia membeli sebuah properti satu tahun setelah pembajakan. Ia juga suka minum bourbon dan merokok. Dan yang pasti, wajahnya sangat mirip dengan sketsa wajah Cooper. Namun FBI kemudian menolak teori ini karena tinggi badan, berat badan dan warna matanya tidak sesuai dengan deskripsi para saksi.
Ini perbandingan foto Kenneth Christiansen dengan DB Cooper. Lihat persamaan yang menakjubkan diantara kedua wajah ini, terutama hidung, rambut, dahi dan telinga.
Setelah McCoy, Weber dan Christiansen tidak lagi mendapat perhatian, Pada tahun 2008, seorang pengacara dari Washington bernama Galen Cook muncul dengan teori yang luar biasa. Menurutnya DB Cooper adalah seorang pria dari San Diego bernama William Pratt Gosset.
Cook percaya bahwa uang tebusan yang diambil Cooper tersimpan di safe deposit Box di Vancouver atas nama William Gosset yang meninggal tahun 2003. Pengacara itu juga menyebut bahwa sketsa yang dirilis oleh FBI sesuai dengan wajah William Gosset.
Menurut Cook, Gosset pernah mengatakan kepada tiga anaknya bahwa ia adalah DB Cooper sambil menunjukkan sebuah kunci safe deposit box. Gosset juga pernah mengaku kepada seorang pensiunan hakim di Salt Lake City bahwa ia adalah DB Cooper.
Hakim itu ingat saat ketika Gosset bercerita kepadanya :
